Każde wdrożenie nowego oprogramowania w firmie może w pewnym stopniu zakłócić jej pracę. Największym niebezpieczeństwem podczas wdrażania nowych programów jest problem z niedopasowaniem nowych programów do potrzeb pracowników. Program oferujący zbyt mało opcji (na przykład nie oferujący przydzielania użytkownikom uprawnień), będzie przeszkadzał w pracy. Bez określenia wymagań i dobrania odpowiedniego programu, nie uda się poprawić pracy i zoptymalizować jej wyników.Bardzo dużym problemem bywa brak komunikacji między zarządem firmy a pracownikami. W dużej firmie, o wymianie programu na inny należy uprzedzić wszystkie osoby, które z niego korzystają i przeszkolić je do jego obsługi. Szczególnej troski wymaga sytuacja, kiedy zmieniane jest jednocześnie kilka programów, a nawet cały system operacyjny – wymusza to całkowitą zmianę przyzwyczajeń. W takim wypadku szczególnie ważny jest kontakt z pomocą techniczną. Nie mniej ważne jest wybranie odpowiedniego momentu na wdrożenie oprogramowania. Każda firma ma okres, kiedy jest mniej klientów i właśnie wtedy najbardziej opłaca się wykonać zmianę programu na inny. Po wdrożeniu nowych programów może pojawić się kolejny problem – efektywna praca wymaga poznania ich wszystkich możliwości, dlatego początki są zazwyczaj trudne. Dzięki dokładnemu przeczytaniu instrukcji lub zapoznaniu się z opcjami pokazanymi w filmach instruktażowych, można wykorzystać ich pełny potencjał.
