Obsługa księgowa firmy wymaga odpowiedniego oprogramowania, dostosowanego do sposobu rozliczeń. Na rynku dostępnych jest kilkanaście programów, różniących się sposobem instalacji i oferowanymi opcjami. Nowym trendem w oprogramowaniu jest przenoszenie danych do internetu. Program do obsługi księgowej zainstalowany w chmurze pozwala na dostęp z każdego urządzenia, jednak korzystanie z takich usług ma też wady. Jeśli aplikacja jest dostępna z przeglądarki internetowej, to trzeba liczyć się z drobnymi opóźnieniami w działaniu.Należy z rezerwą podchodzić do programów, które są darmowe, gdyż często nie nadążają one za obowiązującą legislacją lub nie są uaktualniane. Uaktualnienia i pomoc dla użytkowników to, oprócz wygody korzystania, dwie najważniejsze cechy programu księgowego. Dobrym rozwiązaniem jest wybranie programu, który jednocześnie umożliwia podłączenie magazynu i wystawianie faktur, dzięki czemu unikniemy konieczności instalowania trzech odrębnych aplikacji.Ilość opcji oferowanych przez dany program zazwyczaj warunkuje jego cenę. Niestety często bywa też tak, że płacimy za funkcje, których w rzeczywistości nie używamy. Z tego powodu, by nie przepłacać za licencję, warto dostosować oprogramowanie dokładnie do potrzeb księgowości w firmie. Idealnym rozwiązaniem jest wybranie programu, do którego można dokupować różne moduły, jeśli okażą się one potrzebne.